為推廣管風琴音樂，培育本澳管風琴司琴人才，本院舉辦管風琴長期課程，提供系統性的訓練，藉此讓學員加深對管風琴認識和彈奏技巧。本課程設計目標是讓學員從多角度接觸管風琴音樂。除了每週的課堂外，學員亦有機會在本院舉辦的音樂會中參與演出。本課程以集體課和個別課之形式授課，讓學員之間彼此學習，互相交流。