為推廣管風琴音樂，培育本澳管風琴司琴人才，本院舉辦管風琴長期課程，提供系統性的訓練，藉此讓學員加深對管風琴認識和彈奏技巧。本課程設計目標是讓學員從多角度接觸管風琴音樂。除了每週的課堂外，學員亦有機會在本院舉辦的音樂會中參與演出。

本課程以一個學年為整體，分為三個學段，每年9月開始至翌年7月止。全年課程合共36課，課堂主要以集體課及個別課之形式授課，讓學員之間彼此學習，互相交流。

課程主要分為五個級別，各級別預計1至2年內完成。課程內容將根據學員的能力及程度作出調整。每學年設有一個中期評估，導師將審視學員之學習情況及進度；到學年結束前，學員須參與管風琴期末演出作為該學年之評核考試。

管風琴長期課程一般於每年6月中公佈報名詳情及派發報名表，7月中進行面試，7月底公佈取錄名單及繳付學費，然後於9月開學。